关于南岛语的起源问题,是国家人类学与语言学界还算热门的一个研究题目。比较早期的说法,包括该语言起源于密克罗尼西亚、广西、贵州、云南、中南半岛、西新几内亚等不同说法(关于这些说法的简单回顾,可以参考中央研究院平埔文化资讯网)。不过,自从Shutler and Marck在1975年发表了一篇论文,并证实台湾是南岛语最有可能的发源地以后,国际遗传学界即接受他的研究成果。尤其是在Peter Bellwood于1991年在《科学人》(Scientific American)杂志上,关于这个问题的论文发表以后,“南岛语的发源地在台湾”这一个陈述,就几乎已经是多数学者的共识;后来他再提出,南岛民族由亚洲大陆而来,于公元前8000左右到达台湾,此后发展出卓越的航海能力,不断分批移民至海外岛屿;在开始很长一段时间后,曾一时暂止,然后又持续移民,而无论是择居于大岛或小岛,多遍布于亚热带和热带地区是一大特点。